Później był piłkarzem Borussii Velbert i Rot-Weiß Oberhausen. W 2003 roku trafił do juniorów Schalke 04 Gelsenkirchen. 3 lata później został włączony do kadry pierwszego zespołu. 11 lutego 2006 zadebiutował w Bundeslidze, w meczu z Bayerem Leverkusen.

5 dni później wystąpił po raz pierwszy w europejskich pucharach. Grał przez 67 minut spotkania przeciwko Espanyolowi Barcelona. W maju 2007 roku przedłużył umowę z Schalke o 3 lata, ale z powodu braku miejsca w składzie na początku sezonu 2007/08 postanowił opuścić klub.

31 sierpnia 2007 został sprzedany do Werderu Brema za 3,5 miliona euro. Dzień później zadebiutował w nowym klubie w meczu Bundesligi przeciwko Eintrachtowi Frankfurt. 30 maja 2009 zdobył z Werderem Puchar Niemiec.

W 2009 roku zdobył z reprezentacją Niemiec Mistrzostwa Europy U-21. Mimo tego po wejściu nowych przepisów FIFA mógł zagrać dla innej reprezentacji. 20 sierpnia przyjął polskie obywatelstwo i został powołany do reprezentacji Polski, w której zadebiutował 4 września w spotkaniu z Ukrainą.

We wrześniu 2010 roku doznał poważnej kontuzji kolana, która wyeliminowała go z gry na ponad rok. Na boisko powrócił 28 sierpnia 2012 roku, jednak dopiero dwa miesiące później, ponownie zagrał w drugiej drużynie. Mimo bardzo długiej przerwy w treningach, Boenisch został powołany przez Franciszka Smudę na EURO 2012.

Piłkarz był podstawowym lewym obrońcą reprezentacji i zagrał we wszystkich trzech meczach w pełnym wymiarze czasowym. Polacy zakończyli swój udział w turnieju już na fazie grupowej. Z końcem czerwca 2012 roku wygasła jego umowa z Werderem Brema, której z powodów finansowych, postanowił nie przedłużyć.

4 listopada 2012 roku podpisał obowiązujący do końca sezonu kontrakt z Bayerem Leverkusen. W barwach „Aptekarzy” zadebiutował tydzień później, w meczu ligowym z VfL Wolfsburg (1:3). 19 stycznia 2013 roku strzelił swoją pierwszą bramkę dla nowego klubu, trafiając do siatki w spotkaniu z Eintrachtem Frankfurt (3:1).

Początkowo przegrywał rywalizację z Michalem Kadlecem, jednak kiedy Czech doznał kontuzji, wygryzł go z podstawowego składu. Dobra postawa w ligowych spotkaniach zaowocowała powrotem do reprezentacji Polski. W całym sezonie Boenisch wystąpił w 15 meczach w Bundeslidze, w których strzelił jednego gola.

W sezonie 2013/14 był już pewniakiem do miejsca w podstawowym składzie i nie grał tylko wtedy, kiedy miał problemy zdrowotne. We wszystkich rozgrywkach zagrał w 31 meczach, w których strzelił gola i zaliczył 6 asyst. Bayer zajął 4. miejsce w Bundeslidze, a w Lidze Mistrzów dotarł do 1/8 finału.